"The method is available as a server at https://robetta.bakerlab.org (RoseTTAFold option)"

Альфафолд отличная вещь, кажется, даже не слишком перетренированная, просто недоступная простым людям

Я прост нашел вчера неофф имплементацию с 500+ звездами на гитхабе, подумал, что норм

Классическую розетту применять для абинишио фолдинга очень долго, сложно, запарно и с маленьким шансом успеха. Может сработает для короткого белка в примерно 100 ак, но потом все равно надо допиливать динамикой. Альфафолд обещают релизнуть в открытом доступе в этом году, тогда и посмотрим. TrRosetta я гонял, тестировал, в режиме без темплейта могут быть лютейшие косяки (в сайдчейнах они будут при любом запуске, но иногда даже в бб, например моделировать H3 петлю антител с помощью trrosetta дело гиблое, а для a2d vgcc она мне перекрутила половину белка на 180 градусов). Новый тул от Бейкера (rosettafold) еще не тестировал.

В том-то и дело, что неофициальную. Фиг знает, что там внутри, и насколько она на реальную похожа

Понял, спасибо за подробный ответ

Моя позиция, что стоит попробовать вообще все и критически глазами посмотреть на результат, и потом конечно же придумать способы валидации

Докинг вообще штука эзотерическая))) Я лично делаю в SeeSAR

Зависит от того, что дочить, во что дочить, и в каком режиме (насколько гибко). РозеттаДок давно о себе не подает знаков, ощущение что им никто не занимается. Швейцарский нож сейчас haddock, с кучей сценариев использования, но он довольно медленный, не сравнится с виной и ее вариациями. Но вина очень узконаправленная и не очень точная.

Забыл уточнить, да, докинг мелких лигандов в белки

С другой стороны, ей не помешало быть инструментом в чуть ли не единственной статье с докингом в nature недавно. Там конечно взяли числом и экспериментальной проверкой, исходно скринили миллиарды веществ. И делали каскад тулов, сначала quickvina в blind режиме, потом в карман, потом нормальная вина, потом что-то еще, не помню уже. Но все упирается конечно же в качество модели белка. Насэмплите много физиологических конформаций - любой докинг сработает лучше

Если гибкость в смысле поворота остатков белка, то желательно гибко, да

https://www.nature.com/articles/s41586-020-2117-z?proof=t

Вот эта статья была. Ее назначение по сути - оправдывать применение дешевой и суровой вины в грантовых заявках)))

И не только остатков, но чтоб белок прям "дышал". Потому что просто повороты это вроде тупо как-то

Ну тогда автодоки вам не подойдут. Либо использовать розеттадок, либо, что мне кажется лучше (так как Розетта очень долго и не очень хорошо двигает/перестраивает остовы) - сначала для вашего таргета насэмплить конформаций с МД, с каким-нибудь методом улучшенного сэмплинга. И потом делать докинг автодоком в 10-100 стартовых моделей

Ну вот я не убеждена в полезности flexible docking. По крайней мере, в наших руках результаты были не лучше, чем с одной минимизированной структурой. А Вы знаете примеры, когда это реально принесло пользу?

Я вообще докинг не люблю) Для моих объектов любой докинг оказывался провален в общем-то, в любом сценарии

)))) и правильно

А где можно насэмплить, в той же розетте? Я просто узко знаком с парочкой методов, не ориентируюсь во всем

Мы сэмплили как раз с помощью МД (громакс) — безполезно