r
По истории сообщений нашёл только вот это. Если ещё можно, был бы крайне признателен ]
(в китайских сайтах не ориентируюсь)
(в китайских сайтах не ориентируюсь)
Size: a a a
2021 April 27
MS
А как-то можно с bam-файлов variant calling сделать не с тем референсом, с которым bam собраны? У меня набор bamов, которые выравнивали на фасты с разными тегами, в итоге я не понимаю, как мне взять один референс для всех bam, samtools mpileup ругается и говорит, что не видит нужный референс
O
А исходных ридов нет?
MS
Нет, если б были - я бы просто переделал выравнивание, конечно
VS
маякните в личку, как освобожусь - скину)
r
Спасибо!
O
Просто это по сути задача восстановления ридов по баму... И с таким я не сталкивался. Даже не помню, позволяет ли такое формат
Яс
а последовательности референсов тоже разные?
MS
Нет, одинаковые, там в тегах проблема
Яс
Ну тогда, наверное, можно просто взять и заменить тэги в заголовке и в поле rname?
SV
MS
Да, попробую в sam перекинуть и заменить заголовки, спасибо
Яс
в самих выравниваниях тоже нужно заменить названия референсов
MS
Ну понятно, что везде, где возможно, да
SK
Если только теги в авторежиме поправить и привести все к одному
MF
мне кажется, проще всего bam -> fastq сконвертировать и выровнять нормально
(bamtofastq)
(bamtofastq)
MS
Говнистые fq получаются после этого, я как-то пробовал
MF
почему?
MS
Что-то с заголовками ридов происходит. По крайней мере после конвертации через samtools
MS
Не помню уже, в чем была проблема, но после одной попытки я так больше не делал 😁