Хорошо в вышке и ещё паре рандомных лаб в России
Многие конечно уезжают

Напишите в ИБГ РАН. Лаборатория регуляции экспрессии генов в развитии. Юлий Валерьевич Шидловский. Он набирает студентов.

оооооо, механический кодекс, атомно-электронный кодекс, Билль о теплоте и энтропии...

Технократия, таким образом

Привет всем, у меня небольшой технический вопрос: сталкивался ли кто-то с несовпадением результатов рестрикции и сиквенса?
На рестрикции результат такой, что последовательность рестрикционного сайта нарушен, на сиквенсе по Сэнгеру - что всё окей, никакого нарушения.

Как вы поступали в таком случае при описании результатов? Какие можно анализы ещё провести?

А сиквенс чего? У нас был такой случай с плазмидой. Я туда заклонировал вставку, но то ли вся вставка, то ли часть дуплицировалась и вставилась рядом. При прочтении вставки с одного праймера все было ок, а вот со второго праймера первая половина сиквенса была ок, а потом начиналась мешашина. Я на это не обратил внимание, но когда стал ПЦРить плазмиду целиком, то получился какой-то мрак. Рестрикция по рестриктазам вокруг вставки показала дополнительные куски и сайты. То есть по крайней мере на одном сиквенсе все было ок.

Присмотреться к хроматограмме, может там второй пик притаился?

Сиквенс ПЦР-продукта

Как назло, всё чисто)

А вы его полностью секвенируете? А сайт рестрикции пропал при этом?

Есть контроль на работу рестриктазы?

Сам продукт коротенький, 230 bp, сиквенсим целиком с обеих сторон. На форезе пропал, на сиквенсе всё хорошо

Единственный вариант - блокирование метилированием, но это событие у 5% из выборки

Да, контроль был, работает нормально

ну бывают, конечно, дропауты, но это экзотика

Загадка!

хотя со второго праймера прочитать не мешало бы

Я думаю сиквенсить куски после рестрикции, из геля вырезать

Если речь о R и F, то мы читаем с обоих