MS
А у IonTorrent тоже риды длинные можно?
Самые длинные у PacBio. Но там тоже чудеса всякие есть, нюансы
Size: a a a
2021 March 14
Y
Никогда не работал на них и даже не видел нигде. И не знаю, где на них сейчас работают
Ясно, спасибо. Получается, скорее, экзотика. А так посмотрел - миниион чуть ли не 1000 баксов стоит. Поставить в лабе и клонирования секвенировать было бы круто ))
MS
Ясно, спасибо. Получается, скорее, экзотика. А так посмотрел - миниион чуть ли не 1000 баксов стоит. Поставить в лабе и клонирования секвенировать было бы круто ))
Ну там вроде недешевые ячейки для него, но я цен точно не знаю. А что клонируете?
Y
Ну там вроде недешевые ячейки для него, но я цен точно не знаю. А что клонируете?
Да это я так просто размечтался. Клонируем для дрожжей плазмиды, бывает, кусочки генома нужно секвенировать. Просто иногда бывает целая гора. Сэнгером по 5 баксов за образец все делаем нормально, институт субсидирует. А так я просто читал сейчас про разные технологии, вот и полез смотреть.
MS
Да это я так просто размечтался. Клонируем для дрожжей плазмиды, бывает, кусочки генома нужно секвенировать. Просто иногда бывает целая гора. Сэнгером по 5 баксов за образец все делаем нормально, институт субсидирует. А так я просто читал сейчас про разные технологии, вот и полез смотреть.
Ну вот я про Сэнгер как раз хотел сказать, у меня 3500 для таких целей стоит, это оптимально
ПС
Ну там вроде недешевые ячейки для него, но я цен точно не знаю. А что клонируете?
Ячейки для нанодырки - это отдельная песня. Красной плесени, причём.
ML
Сейчас больше йонторрент в тренде.
да ну вы что. Торрент ушел со сцены практически
ПС
Если бы не пара но
ПС
Чипы для торрента можно мыть.
ПС
И методика множественного параллельного секвенирования
ML
Привет! Спрашиваю чисто из любопытства. Когда я был в универе (2011 примерно), и нам рассказывали про секвенаторы, говорили, что иллюминой все пользуются, а вот нанопора еще не доделана, но перспективы большие. Потом было много новостей, что нанопора вроде неточная, но для каких-то задач хорошо подходит. Хочу узнать, какое сейчас мнение сообщества. Широко ли используется нанопора? Или это нишевая вещь? Есть ли у нее большие перспективы, или на нее уже подзабили, а сейчас есть что-то новое, от чего все в восторге? Простите, если глуповатый вопрос. Я сам по микроскопам больше.
Очень широко используется для сборки де ново. Хорошо идет в комбинации с иллюминой - длинные, но неточные риды корректируются короткими, но точными. Ещё хорошо идет для детекции перестроек и прочих штук, которые не ловятся по коротким ридам. А ещё им можно напрямую смотреть модификации, например, метилирование без всякой бисульфитки.
ML
да, плазмидки им секвенировать тоже ОК, особенно если подозреваете перестройки
ML
Если бы не пара но
Ну зашибись, все прям разбежались чипы мыть. Ни в одной нормальной лабе\фасилити так делать не будут
ML
Но в целом, конечно, нанопор хуже пакбио по точности. Зато доступен каждому, у кого есть ~ 100K рублей
ПС
А не сто килорублей.
ПС
Maria Log
Ну зашибись, все прям разбежались чипы мыть. Ни в одной нормальной лабе\фасилити так делать не будут
Ага. Альтернативы часто нет.
Y
Maria Log
да, плазмидки им секвенировать тоже ОК, особенно если подозреваете перестройки
О, спасибо за подробный ответ! Кстати, с перестройками плазмид у нас просто куууча геморроя. Вы знаете кого-то кто для плазмид пользуется?
ML
Ну NGS в принципе не для бедных. Все равно же на сиквенсные реагенты тратиться, их реюзать не получится.
ML
О, спасибо за подробный ответ! Кстати, с перестройками плазмид у нас просто куууча геморроя. Вы знаете кого-то кто для плазмид пользуется?
наши заказчики пользовались, могу попросить фидбэк
ML
(да, и реюз чипов фишер наверняка забанит рано или поздно, так что рассматривать это как стабильное решение нельзя)