PD
Maria Log
Михаил прав, посмотрите на несколько случайно выбранных ридов, будет понятно
да, посмотрела глазами 50 ридов, там почти везде много А в конце(
Size: a a a
2021 February 22
PD
что-то без цифр обсуждение странное. Какое было среднее качество до этого? Процент мэппинга, куда мэппится -- в RNAseq любом можно статистику получить
среднее качество до этого я не проверяла, потому что процент мэппинга меня устраивал (больше 85). А теперь он 50.
MS
во, а теперь интересно что там за unmapped - это polyA? или может фага кто положил)
MS
просто я не сказал бы что качество >20 по 25% квантили сильно плохое
ML
да, посмотрела глазами 50 ридов, там почти везде много А в конце(
Ну попробуйте их срезать для начала, а потом перекартировать. Чтоб библиотека была совсем зафейлена, не похоже.
PD
Maria Log
Ну попробуйте их срезать для начала, а потом перекартировать. Чтоб библиотека была совсем зафейлена, не похоже.
А до какого нуклеотида вы бы посоветовали срезать?
PD
во, а теперь интересно что там за unmapped - это polyA? или может фага кто положил)
Думаю, что это полиА, потому что у меня было 3 библиотеки, из которых 2 готовились вместе, а ещё одна — отдельная биоповторность. И все их результаты секвенирования одинаково выглядят. Ну то есть если там контаминация, то она должна была 2 раза произойти
ML
А до какого нуклеотида вы бы посоветовали срезать?
я думаю, фиксированная длина тут не пойдёт, ведь хвосты могут быть разной длины. Надо окном пройтись
AD
Библиотека там такая. Оранжевая вставка -- это собственно кДНК. Хм, может, и да, может, это хвост, а вставки нету(
На схеме вставка 91 нт, а в выдаче fastqc длина рида 47 нт, может в этом дело.
PD
На схеме вставка 91 нт, а в выдаче fastqc длина рида 47 нт, может в этом дело.
Не, другие эксперименты у меня тоже были с укороченным вторым ридом и было норм
MS
сколько инсерта войдет зависит от числа циклов/длины рида
PD
Maria Log
я думаю, фиксированная длина тут не пойдёт, ведь хвосты могут быть разной длины. Надо окном пройтись
Спасибо!
MS
по факту можно и первым ридом второй читать если инсерт маленький)
kK
Ребят
kK
Ребят, кто нибудь знает что нибудь про защиту диссертации в Латвии? Как проходит и всякие там организационные моменты
PC
пилю проект по автоматизации рекрутинга в мл сфере, пока без автоматизации; просто мимо проходил
VM
Откуда такое нашествие?)
EM
Переслано от Elizaveta Minina
Мы начинаем уже через 20 минут! Подключайтесь к трансляции на Youtube https://fbb.lv/sciclubyt или виртуальной аудитории https://fbb.lv/sciclub
AR
я тут вспомнила, что не писала о себе вообще ничего в начале, поэтому почему бы не написать ыы
я биофизик третьего курса с физфака мгу, в науке пока что утенок, в планах потрогать ручками пробирки и мимикрировать под молбиолога, в еще более глобальных планах - уехать на PhD
занималась гидродинамикой крови (привет скц мгу) и немного моделила, побывала на студ смене в сириусе, увлеклась питоном
я биофизик третьего курса с физфака мгу, в науке пока что утенок, в планах потрогать ручками пробирки и мимикрировать под молбиолога, в еще более глобальных планах - уехать на PhD
занималась гидродинамикой крови (привет скц мгу) и немного моделила, побывала на студ смене в сириусе, увлеклась питоном
B
я тут вспомнила, что не писала о себе вообще ничего в начале, поэтому почему бы не написать ыы
я биофизик третьего курса с физфака мгу, в науке пока что утенок, в планах потрогать ручками пробирки и мимикрировать под молбиолога, в еще более глобальных планах - уехать на PhD
занималась гидродинамикой крови (привет скц мгу) и немного моделила, побывала на студ смене в сириусе, увлеклась питоном
я биофизик третьего курса с физфака мгу, в науке пока что утенок, в планах потрогать ручками пробирки и мимикрировать под молбиолога, в еще более глобальных планах - уехать на PhD
занималась гидродинамикой крови (привет скц мгу) и немного моделила, побывала на студ смене в сириусе, увлеклась питоном
Биофизика топ❤️