Size: a a a

2021 February 08

O

Orodret in Science FYI
Semen Vasilev
а кстати там все еще считают, что амилоидные бляшки механически разрушают нейроны? или это устарвшее уже мнение?
Пока мы осторожно говорим про ассоциацию
источник

SV

Semen Vasilev in Science FYI
Orodret
Пока мы осторожно говорим про ассоциацию
я просто долго занимался и все еще малость занимаюсь самосборкой пептидных кристаллов, которые имеют амилоидный мотиф и было мнение, что это может помочь понять их механизмы образования. т.е. меня конечно больше инетерсовали физ свойства этих кристаллов, но и процессы роста поисследовади довольно активно
источник

ДИ

Денис Исаев... in Science FYI
Чекну, спасибо
источник

НЗ

Норборнановый Зайка... in Science FYI
Semen Vasilev
а кстати там все еще считают, что амилоидные бляшки механически разрушают нейроны? или это устарвшее уже мнение?
Мы не знаем, но уже FDA одобрило антитело против растворимой формы, есть положительные результаты ( торможение прогрессирования)
источник

DN

D N in Science FYI
Норборнановый Зайка
Мы не знаем, но уже FDA одобрило антитело против растворимой формы, есть положительные результаты ( торможение прогрессирования)
Ссылку на одобрение можно?
источник

НЗ

Норборнановый Зайка... in Science FYI
A new Alzheimer's drug: From advisory panel to FDA — what's at stake here? - Harvard Health Blog - Harvard Health Publishing
https://www.health.harvard.edu/
источник

НЗ

Норборнановый Зайка... in Science FYI
D N
Ссылку на одобрение можно?
Такая подойдет?
источник

НЗ

Норборнановый Зайка... in Science FYI
Я немножко обманула всех, не полный апрувд, а только III фаза, но! Там самые впечатляющие результаты
источник

DN

D N in Science FYI
"The FDA will decide by March 2021"
источник

НЗ

Норборнановый Зайка... in Science FYI
Да-да)
источник

MS

Marco Scavenger in Science FYI
Привет!
Помогите, пожалуйста, советом:
хочу вытащить из bam-выравнивания консенсусную фасту, она тащится, но что-то подозрительно выглядит - очень уж размер двух фаста-файлов близкий, разница в 7 байт, хотя это бактериальные геномы одного вида, но разных линий (референс одинаковый).
Что я делал:
bwa mem для выравнивания
samtools view
gatk3 indelRealignment
bcftools mpileup | bcftools call
cat ref.fa | bcftools consensus

Может, какой-то фильтр добавить? Что я упускаю?
источник

DN

D N in Science FYI
Информация интересная, но, думаю, в любом случае попадет в огромное количество новостей, если одобрят
источник

MS

Marco Scavenger in Science FYI
Норборнановый Зайка
Я немножко обманула всех, не полный апрувд, а только III фаза, но! Там самые впечатляющие результаты
А статус прорывной терапии присвоили?
источник

DA

Dmitry A in Science FYI
Marco Scavenger
Привет!
Помогите, пожалуйста, советом:
хочу вытащить из bam-выравнивания консенсусную фасту, она тащится, но что-то подозрительно выглядит - очень уж размер двух фаста-файлов близкий, разница в 7 байт, хотя это бактериальные геномы одного вида, но разных линий (референс одинаковый).
Что я делал:
bwa mem для выравнивания
samtools view
gatk3 indelRealignment
bcftools mpileup | bcftools call
cat ref.fa | bcftools consensus

Может, какой-то фильтр добавить? Что я упускаю?
А геномы нормально ридами покрыты?
источник

MS

Marco Scavenger in Science FYI
Dmitry A
А геномы нормально ридами покрыты?
Да, покрытие хорошее
источник

DN

D N in Science FYI
Marco Scavenger
Привет!
Помогите, пожалуйста, советом:
хочу вытащить из bam-выравнивания консенсусную фасту, она тащится, но что-то подозрительно выглядит - очень уж размер двух фаста-файлов близкий, разница в 7 байт, хотя это бактериальные геномы одного вида, но разных линий (референс одинаковый).
Что я делал:
bwa mem для выравнивания
samtools view
gatk3 indelRealignment
bcftools mpileup | bcftools call
cat ref.fa | bcftools consensus

Может, какой-то фильтр добавить? Что я упускаю?
А почему они должны сильнее различаться?
источник

MS

Marco Scavenger in Science FYI
D N
А почему они должны сильнее различаться?
Там огромное количество снипов между ними, а еще линии между собой различаются количеством всяких повторов и прочего, т.е. длина неодинаковая все же должна быть
источник

MS

Marco Scavenger in Science FYI
Можно их друг на друга попробовать выравнять, но компьютер там слабоват, будет 4.5 мегабазы долго выравнивать. Видимо, придется это делать, чтобы проверить
источник

O

Orodret in Science FYI
Semen Vasilev
я просто долго занимался и все еще малость занимаюсь самосборкой пептидных кристаллов, которые имеют амилоидный мотиф и было мнение, что это может помочь понять их механизмы образования. т.е. меня конечно больше инетерсовали физ свойства этих кристаллов, но и процессы роста поисследовади довольно активно
Да, мы тоже никогда самими болезнями не занимались, только самими белками
источник
2021 February 09

DN

D N in Science FYI
Я уже даже Nature не могу через сайхаб достать...
источник