Привет!
Помогите, пожалуйста, советом:
хочу вытащить из bam-выравнивания консенсусную фасту, она тащится, но что-то подозрительно выглядит - очень уж размер двух фаста-файлов близкий, разница в 7 байт, хотя это бактериальные геномы одного вида, но разных линий (референс одинаковый).
Что я делал:
bwa mem для выравнивания
samtools view
gatk3 indelRealignment
bcftools mpileup | bcftools call
cat ref.fa | bcftools consensus
Может, какой-то фильтр добавить? Что я упускаю?