Я сначала пользовался менделеем довольно успешно, но потом узнал, что его купил богомерзкий Эльзевир, и перешел на Zotero во имя open science. Не глючит, все работает. Читалкой менделея было удобно пользоваться, но системные читалки, которые открывает зотеро тоже часто поддерживают пометки, так что с этим нет проблем.
А приложения есть, чтобы открывать в самой программе файлы?