К
Биологами не рождаются, биологами умирают
Size: a a a
2020 November 01
MS
Биологами не рождаются, биологами умирают
SK
всем привет!
есть пара вопросов по биоинформатике.
в наличии 3 собранных генома Dekkera (2 из пива, 1 из вина). хочется найти общие и уникальные гены. те тулы,что я находил для сравн.геномики, или рассчитаны на бактерий, или же работают с ридами, не с геномами. есть еще вариант воспользоваться anvio и пангеномикой, но 3 не мало ли для пангенома? идеи и предложения?
есть пара вопросов по биоинформатике.
в наличии 3 собранных генома Dekkera (2 из пива, 1 из вина). хочется найти общие и уникальные гены. те тулы,что я находил для сравн.геномики, или рассчитаны на бактерий, или же работают с ридами, не с геномами. есть еще вариант воспользоваться anvio и пангеномикой, но 3 не мало ли для пангенома? идеи и предложения?
Сначала простой бласт :)
MN
Биологами не рождаются, биологами умирают
тогда я умру почвоведом
IS
Сначала простой бласт :)
о, здравствуй!
звучит логично. дальше тулы зависят от дальнейшей задачи?
звучит логично. дальше тулы зависят от дальнейшей задачи?
MS
всем привет!
есть пара вопросов по биоинформатике.
в наличии 3 собранных генома Dekkera (2 из пива, 1 из вина). хочется найти общие и уникальные гены. те тулы,что я находил для сравн.геномики, или рассчитаны на бактерий, или же работают с ридами, не с геномами. есть еще вариант воспользоваться anvio и пангеномикой, но 3 не мало ли для пангенома? идеи и предложения?
есть пара вопросов по биоинформатике.
в наличии 3 собранных генома Dekkera (2 из пива, 1 из вина). хочется найти общие и уникальные гены. те тулы,что я находил для сравн.геномики, или рассчитаны на бактерий, или же работают с ридами, не с геномами. есть еще вариант воспользоваться anvio и пангеномикой, но 3 не мало ли для пангенома? идеи и предложения?
Я бы сделал аннотацию по GO и посравнивал представленность категорий
IS
Я бы сделал аннотацию по GO и посравнивал представленность категорий
думал над таким вариантом. OrthoMCL подойдет?
MS
думал над таким вариантом. OrthoMCL подойдет?
Возможно, я в этих тулах особо не шарю. К сожалению большинство годных тулов под бактерюшек заточено
IS
Возможно, я в этих тулах особо не шарю. К сожалению большинство годных тулов под бактерюшек заточено
с этим тоже столкнулся. будь бактерии, проблем бы не возникло. но у меня дрожиж:(
IS
хорошо, время экспериментов (плачу)
SK
о, здравствуй!
звучит логично. дальше тулы зависят от дальнейшей задачи?
звучит логично. дальше тулы зависят от дальнейшей задачи?
А что надо? Как минимум оно тебе даст хит или нет
ЭГ
с этим тоже столкнулся. будь бактерии, проблем бы не возникло. но у меня дрожиж:(
Господи, хоть кто-то дрожжами занимается тут кроме меня 😭😭😭
Спрошу завтра у коллег, я в биоинф части не сильна :-(
Спрошу завтра у коллег, я в биоинф части не сильна :-(
M
Мой знакомый 5 раз заболевал (с температурой, классическими симптомами) с положительными ПЦРами все разы, и каждый раз после контактов с зараженными. Если бы он делал пцры между обострениями, можно было бы опубликовать кейс в именитом журнале
SK
думал над таким вариантом. OrthoMCL подойдет?
Аннотируй с помощью
SK
Блин, забыл название тулзы которая прям норм -_-
К
Я вообще думал это будет либо метеорит либо ядерная
MN
Мой знакомый 5 раз заболевал (с температурой, классическими симптомами) с положительными ПЦРами все разы, и каждый раз после контактов с зараженными. Если бы он делал пцры между обострениями, можно было бы опубликовать кейс в именитом журнале
так еще не все потеряно, а то вы шеф все пропало!
IS
А что надо? Как минимум оно тебе даст хит или нет
в идеале обнаружить гены, которые обуславливают присутствие штамма в нише.
если совсем по-простому, то запилить сравн.геномный анализ для этих штаммов и потом еще добавятся штаммы. а если на все деньги, то вообще запилить пайплайн(но это дело будущего)
если совсем по-простому, то запилить сравн.геномный анализ для этих штаммов и потом еще добавятся штаммы. а если на все деньги, то вообще запилить пайплайн(но это дело будущего)
IS
Блин, забыл название тулзы которая прям норм -_-
как вариант в интернетах советуют MAKER2.
IS
Господи, хоть кто-то дрожжами занимается тут кроме меня 😭😭😭
Спрошу завтра у коллег, я в биоинф части не сильна :-(
Спрошу завтра у коллег, я в биоинф части не сильна :-(
приветствую коллегу!