АГ
Всем привет, вопрос по нанопору. Сколько раз можно отмывать одну flow cell ? Насколько вообще она реюзабельна с wash kit , который они продают. Спасибо.
Size: a a a
2020 August 23
O
Всем привет, вопрос по нанопору. Сколько раз можно отмывать одну flow cell ? Насколько вообще она реюзабельна с wash kit , который они продают. Спасибо.
Там от количества живых пор зависит. Если выжигаете ячейку по полной, то после отмывки поры не очень восстанавливаются. Так что с реальной реюзабелбностью не очень. + отмывка не идеальная - есть риск контаминации днкой от прежнего пуска
АГ
Я читаю их сайт и пытаюсь понять как эти ячейки работают в плане использования ресурса, но что то не могу найти толковой доки. Там у ячейки указаны каналы , это что такое ? Если мне надо секвенировать плазмиды по 10 килобаз, и у меня есть самый простой MinION с одной ячейкой , сколько разных плазмид я могу секвенировать?
O
Я читаю их сайт и пытаюсь понять как эти ячейки работают в плане использования ресурса, но что то не могу найти толковой доки. Там у ячейки указаны каналы , это что такое ? Если мне надо секвенировать плазмиды по 10 килобаз, и у меня есть самый простой MinION с одной ячейкой , сколько разных плазмид я могу секвенировать?
Для секвенирования плазмид это так себе инструмент, если честно. Хотя, смотря сколько у вас плазмид?
АГ
Ну плазмиды можно порезать , мне это не на раз, а для понимания можно ли использовать в процессе контроля качества при модификации плазмиды , то есть в несколько шагов, шагов 5-7 возможно. Ну и на сколько раз мне хватит одной ячейки. То есть получается 5-7 плазмид на число экспериментов. Или проще в еврогене заказывать сиквенс по 370р за прогон 500 по
O
Ну плазмиды можно порезать , мне это не на раз, а для понимания можно ли использовать в процессе контроля качества при модификации плазмиды , то есть в несколько шагов, шагов 5-7 возможно. Ну и на сколько раз мне хватит одной ячейки. То есть получается 5-7 плазмид на число экспериментов. Или проще в еврогене заказывать сиквенс по 370р за прогон 500 по
Если для обычной генной инженерии, то лучше в еврогене и не парится.
O
Нанопора больше для секвенирования геномов и подобных задач
АГ
Одна ячейка один геном ? Если мне штамм еколи потребуется установить мне потребуется потратить целую ячейку или скажем можно решить задачу сиквенса всего биома кишечного за раз как в NGS ?
AB
Что вы собрались, гидру скрещивать с сосудами?😊😁
O
Одна ячейка один геном ? Если мне штамм еколи потребуется установить мне потребуется потратить целую ячейку или скажем можно решить задачу сиквенса всего биома кишечного за раз как в NGS ?
Одна ячейка - примерно 12 геномов бактерий. При желании до 24, если руки очень прямые. Микробиом можно, но смотря какое покрытие. С одной ячейки где-то до 20 гб можно получить
АГ
С одной самой дешёвой ячейки я так понимаю ? 20 Гб фаста ? Это 600 млн по с покрытием 30х ?
АГ
Или 20гб именно длина генома ? Тогда человеческий будет с покрытием около 6-7 ?
O
С одной самой дешёвой ячейки я так понимаю ? 20 Гб фаста ? Это 600 млн по с покрытием 30х ?
А для минионов пока одна только ячейка и есть. Ну, то есть есть в9 и в10, но они в одну цену. 20гб - это 20 гигабаз. Да, покрытие человека примерно 6.
АГ
Ясно, спасибо, понял
V
А для минионов пока одна только ячейка и есть. Ну, то есть есть в9 и в10, но они в одну цену. 20гб - это 20 гигабаз. Да, покрытие человека примерно 6.
есть же ещё флонгл (я не читал, был ли он упомянут)
O
есть же ещё флонгл (я не читал, был ли он упомянут)
Есть, но вроде он не для миниона (могу путать, не работал, не уверен даже, что он поставляется официально в рф). Так и у прометиона ячейки другие. Хотя последний точно не для домашней лабы. И не уверен, что для лабы вообще
V
Ну плазмиды можно порезать , мне это не на раз, а для понимания можно ли использовать в процессе контроля качества при модификации плазмиды , то есть в несколько шагов, шагов 5-7 возможно. Ну и на сколько раз мне хватит одной ячейки. То есть получается 5-7 плазмид на число экспериментов. Или проще в еврогене заказывать сиквенс по 370р за прогон 500 по
мы в лабе используем и плюсую, что для отдельных плазмид так себе. Как и переиспользовать вне контекста закидывания нескольких образцов последовательно за ран, так как вы на ходу решаете, стоит ли их глубже секвенировать
V
Есть, но вроде он не для миниона (могу путать, не работал, не уверен даже, что он поставляется официально в рф). Так и у прометиона ячейки другие. Хотя последний точно не для домашней лабы. И не уверен, что для лабы вообще
у нас есть флонглы, вставляются в минион и вполне себе. Особенно если пробные эксперименты или мониторинг библиотек в процессе отбора
V
у нас есть флонглы, вставляются в минион и вполне себе. Особенно если пробные эксперименты или мониторинг библиотек в процессе отбора
или подобное, но для геномов
O
у нас есть флонглы, вставляются в минион и вполне себе. Особенно если пробные эксперименты или мониторинг библиотек в процессе отбора
Да, глянул. Я действительно напутал, это адаптер к миниону)) Вроде выглядит симпатично, но все равно не очень для плазмид.