А насколько близкие геномы? Тот же вид?

Если надо еще менее точно, то можно играться с  Alignment options
https://lh3.github.io/minimap2/minimap2.html

Насчёт вида точно сказать не могу, но вроде разные. Там у белков 75-95% сходства с рефреренсными.
-x map-ont не использовала, просто -a -sam-hit-only прописывала

А для боутая и иллюмины попробуйте
--very-fast-local, может срабоает лучше)

Спасибо большое!!

жесткий оfftop - если вдруг у вас есть знакомые у которых есть дети с синдромом Кохена - есть шанс чуть поучаствовать в научной донации направленной на изучение/лечение этой болезни. http://givingpages.upenn.edu/coh1/116106166  Меня попросили прорекламировать везде где могу, так как в конце месяца эти сборы закрываются

"The Grissom Laboratory at the University of Minnesota Psychology Department is seeking multiple postdoctoral scholars to join us in understanding individual differences in neural dynamics generated during decision making."
https://t.co/AL9mEtxk8S?amp=1

Friendship ended with "Rainbow color scheme". Now "Perceptually uniform color schemes" are my best friend.

Так уж вышло, что в моей текущей работе есть задача визуализировать данные при помощи псевдоцвета. Интуитивно я использовал для этого радугу, аккуратно расставляя цвета вспоминая "каждый охотник желает знать" в зависимости от того обычная ли это радуга или обращенная. Но оказалось все не так просто и на самом деле такой подход сулит искажениями данных и неправильным восприятием. Что же делать? Использовать другие цветовые схемы, которых оказалось немало. Чтобы было понятно, прикладываю небольшую подборку ссылок по теме.

Почему "радуга" – это плохо: https://blogs.mathworks.com/headlines/2018/10/10/a-dangerous-rainbow-why-colormaps-matter/

Как радужная цветовая схема искажает данные: https://eagereyes.org/basics/rainbow-color-map

О выборе цветовых схем: https://betterfigures.org/2015/06/23/picking-a-colour-scale-for-scientific-graphics/

Восхитительная подборка так называемых Perceptually uniform colormaps: https://matplotlib.org/users/colormaps.html

Во многих журналах просят применять цветовые схемы, подходящие для людей с нарушением цветового зрения. Вот как выглядят цветовые схемы у людей с дейтеранопией и не только: https://www.milank.de/topography-and-cvd-colormaps

Большой научный обзор, посвященный цветовым схемам и их применении в исследованиях: https://www.kennethmoreland.com/color-maps/

Я думаю все это уже видели тысячу раз, но для меня это было открытием. Надеюсь будет полезным.

Всем теплый пятничный привет) я тут в группе почти месяц, а все еще не представилась.

Меня зовут Алёна Нефедова, я социолог ВШЭ (Москва) занимаюсь изучением общественного мнения о науке и имидже ученых. Ну плюс инновации исследую.

В свободное от работы время увлекаюсь инвестициями, веду тг-канал на эту тему: https://t.me/AAfinance. Подписывайтесь, кому актуальноч
Приятно тут быть! Мало успеваю что читать, но очень интересно:) Спасибо!

Коллеги, кто работал с ПААГ-форезом, скажите пожалуйста, с помощью него реально различить 108 и 116 bp?

https://www.mdc-berlin.de/special-research-schools и снова реклама аспирантуры в нашем богоугодном заведении. Дэдлайн 6 июля это конечно скоро, но если вам интересны конкретные лаборатории, не бойтесь писать им напрямую

В 8% ПААГ-ТВЕ видно замечательно разницу в 2-3 нуклеотида в диапазоне 100-150 пн

Спасибо за ответ)

О, так вы в этом чате по работе, получается :))
Приятно познакомиться!

нет, только по личным причинам, как ученый:) взаимно!

в баре пусто, хотя время вроде верное

Бар в четверг)))

🤦🤦🤦

Заходит один биоинформатик в бар...