AB
А, да. Есть спец протокол для обогащения, но я не использовала. Перед запуском мы посчитали количество живых клеток, и если он 70% и выше, то считается, что можно не париться
Size: a a a
2020 June 05
PD
А, да. Есть спец протокол для обогащения, но я не использовала. Перед запуском мы посчитали количество живых клеток, и если он 70% и выше, то считается, что можно не париться
А, 70% ок, у меня в одном из протоколов просто 95 значится, и я занервничала
AB
А, 70% ок, у меня в одном из протоколов просто 95 значится, и я занервничала
Официальный протокол?
PD
А, да. Есть спец протокол для обогащения, но я не использовала. Перед запуском мы посчитали количество живых клеток, и если он 70% и выше, то считается, что можно не париться
А что за протокол для обогащения, если не секрет?
PD
Официальный протокол?
Полуофициальный протокол хэширования, https://citeseq.files.wordpress.com/2019/02/cell_hashing_protocol_190213.pdf, одного из изобретших его чуваков потом взяли в 10Х работать
PD
О, цена в 300 с чем-то евро за кит выглядит позитивно
AB
Прикольно. Я 70% вроде от 10Х взяла, сейчас уже не помню точно где. По факту в моих образцах эта цифра варьировалась от 65 до 75, мы переглянулись, поняли, что переделывать очень лень и просто запустили сортинг.
PD
Прикольно. Я 70% вроде от 10Х взяла, сейчас уже не помню точно где. По факту в моих образцах эта цифра варьировалась от 65 до 75, мы переглянулись, поняли, что переделывать очень лень и просто запустили сортинг.
Так сортинг -- это же и есть переделывать, не?
AB
В моем случае протокол был: перенести в PBS, прогнать через strainer, оценить плотность и живость, на этом месте решить, устраивает ли нас это, если да — сортинг.
AB
Переделывать, в смысле повторять эксперимент, две недели растить клетки и заново их фильтровать, в общем все, что до сортинга.
AB
Просто 65% живых клеток — это маловато.
AB
Поэтому можно было бы и переделать.
AB
Вот тот образец, в котором было 65% живых клеток, при таргете в 10000 клеток на выходе после всех биоинформатических чисток дал мне 6,5к. Прямо красиво) Впрочем тот, где было 75% живых, все равно дал 6,5.
PD
Переделывать, в смысле повторять эксперимент, две недели растить клетки и заново их фильтровать, в общем все, что до сортинга.
А раз всё равно сортируешь, нельзя мёртвые отсортировать? 🤔
AB
А раз всё равно сортируешь, нельзя мёртвые отсортировать? 🤔
A, у меня такой опции не было, видимо в нашем фасили его не юзают. И к тому же я не знаю, применим ли он к нечеловеческим образцам. Возможно, мне не предложили по этой причине.
PD
A, у меня такой опции не было, видимо в нашем фасили его не юзают. И к тому же я не знаю, применим ли он к нечеловеческим образцам. Возможно, мне не предложили по этой причине.
О вау, а у вас ещё и сортировочный человек с предложениями полагается, круть
PD
A, у меня такой опции не было, видимо в нашем фасили его не юзают. И к тому же я не знаю, применим ли он к нечеловеческим образцам. Возможно, мне не предложили по этой причине.
Спасибо за консультацию)
AB
О вау, а у вас ещё и сортировочный человек с предложениями полагается, круть
А у вас просто дают сортить любому желающему? ))
AB
Или это цель и задача вашего пхд?