АГ
Спасибо
Size: a a a
2020 April 24
п
Хочется создать чатик "ребят, а что с сайхабом" — актуальные ссылки и помощь со статьями, которых там нет
«Элбакян позвонит».
АГ
Я наверное не правильно задал вопрос, мне нужны исходные данные , а не либа для рисования карт
С
Я наверное не правильно задал вопрос, мне нужны исходные данные , а не либа для рисования карт
источников данных много: на данном нетворке есть метаболит, гены, связи -- нужны все три сущности чтобы были в одном источнике?
АГ
АС
K
А что это за крамольные рассуждения экономистов о биологии? Ну, если не секрет? Извините, пожалуйста, за тормознутый оффтоп :(
У меня есть знакомый экономист. Ну и я как-то скидывал тут давно его мнение по поводу того, чтобы заниматься биоинформатикой сейчас. В общем посыл такой был, что востребованность рынком в биоинформатиках покрывается мфти и мгу. Ну там много всего было. Сюда не транслировал, ибо нет смысла
С
а тип связей там что обозначает? регуляторный? тип связи в ручную введет человеком или предиктед?
п
У меня есть знакомый экономист. Ну и я как-то скидывал тут давно его мнение по поводу того, чтобы заниматься биоинформатикой сейчас. В общем посыл такой был, что востребованность рынком в биоинформатиках покрывается мфти и мгу. Ну там много всего было. Сюда не транслировал, ибо нет смысла
Это не совсем о биологии имхо.
АГ
Я полагаю регуляторный, предсказанный , я видел такие сервисы , сейчас не могу найти , там можно и виды связей выбрать и сущности и вручную добавить что то и предиктед
С
источников данных много: на данном нетворке есть метаболит, гены, связи -- нужны все три сущности чтобы были в одном источнике?
вот чтобы были качественные связи между слоями регуляторный и метаболический -- с этим плохо, т.е. чтобы у нас была регуляция и от метаболита к рецептору, например и от белка на энзим или сам энзим как катализатор хим реакции -- таких вот прямо источников нет -- надо собирать по частям боюсь
AG
Кстати о ВКР
Вопрос к 4 курсу, кто заканчивает и защищается в этом году, что у вас в ВУЗах говорят по поводу данных для диплома? У наших у большинства банально нет возможности попасть в лабы и доделать опыты, как защищаться — непонятно и очень волнительно(
Вопрос к 4 курсу, кто заканчивает и защищается в этом году, что у вас в ВУЗах говорят по поводу данных для диплома? У наших у большинства банально нет возможности попасть в лабы и доделать опыты, как защищаться — непонятно и очень волнительно(
Нам сказали, чтобы все оставили, как есть, хоть мы и 6 курс
АС
просто так взять
Это не совсем о биологии имхо.
Ну да, не чистой биологии.
С
Я полагаю регуляторный, предсказанный , я видел такие сервисы , сейчас не могу найти , там можно и виды связей выбрать и сущности и вручную добавить что то и предиктед
есть много бразузерных баз данных в графическим интерфейсом, там предиктед (низкий траст обычно и много шума). но там нельзя самому добавлять сущности явно
С
Я полагаю регуляторный, предсказанный , я видел такие сервисы , сейчас не могу найти , там можно и виды связей выбрать и сущности и вручную добавить что то и предиктед
т.е. если все готовое и прямо в браузере: там могут быть сотни тысяч белок-белковых взаимодействий, это предиктед, такое шумовое очень. если самому строить и свои сущности добавлять -- то это cytoscape + плагины например
АГ
Ну наверное надо миксовать два подхода
АГ
А в браузере не вспомните какие названия сервисов ?
С
А в браузере не вспомните какие названия сервисов ?
не слежу последнее время, но было: string, DAVID, webgestalt, lynx, biogrid, MINT, inate (вроде так), signoir (мне нравился интерфейс), у инста макса планка был тулл с некоторой интерактивностью и шортест паз, миртарбейз и т.д. тысячи их -- они частично друг друга перекрывают, был даже нетворк нетворков. reactome -- акцент на метаболиты.
АГ
Спасибо!
НН
У меня есть знакомый экономист. Ну и я как-то скидывал тут давно его мнение по поводу того, чтобы заниматься биоинформатикой сейчас. В общем посыл такой был, что востребованность рынком в биоинформатиках покрывается мфти и мгу. Ну там много всего было. Сюда не транслировал, ибо нет смысла
В РБ биоинформатиков вообще не готовят :D
В НИИ цитологии и генетике в Минске проблема со специалистами точно
В НИИ цитологии и генетике в Минске проблема со специалистами точно
YT
Добрый день!
Подскажите, пожалуйста, современный аналог книги "Непостоянство генома" Хесина.
Подскажите, пожалуйста, современный аналог книги "Непостоянство генома" Хесина.