G
если один в гомозиготе и второй тоже то +2, если один в гетеро - +1, если я правильно понимаю, и потом в проценты
Size: a a a
2020 February 27
G
небольшой проблемой может быть что образцы получили с 22 enrichment kits - то взято в итоге пересечение
YI
Привет! Подскажите, пожалуйста, что можно использовать для Gibson Assembly, если использовать только российские ферменты? Или поделитесь протоколом, если есть) Сроки поджимают)
S
German
тоже по вариантам - какой процент вариантов совпадает между людьми
"IBS это как часто состояния совпадают"
звучит как-то одинаково :^(
звучит как-то одинаково :^(
G
"IBS это как часто состояния совпадают"
звучит как-то одинаково :^(
звучит как-то одинаково :^(
смотри, у нас вариант в двух аллельных вариантах - A и B. Если у одного человека AA, у другого AB, то IBS = 0. А пересечение генотипов 0.5.
S
German
смотри, у нас вариант в двух аллельных вариантах - A и B. Если у одного человека AA, у другого AB, то IBS = 0. А пересечение генотипов 0.5.
а, океус, туплю
G
я думаю - чо неужели неродственные скрещивания увеличивают гетерозиготность и разнообразие по сравнению с популяцией, ну кто бы мог подумать
G
верней вот так - правда ли что у брата и сестры одинаковых состояний AA и AA будет меньше, чем у двух рандомно взятых человек из популяции
G
вот ваще не очевидно почему
G
или просто тул кривой - но я в этом сомневаюсь
S
German
облако чуть ниже но далеко от всего - это брат/сестра
а можешь область сказать?
типа в [x=(70:80); y=(25:30)] это один или близнецы, а где там "чуть ниже"?
типа в [x=(70:80); y=(25:30)] это один или близнецы, а где там "чуть ниже"?
S
а можешь область сказать?
типа в [x=(70:80); y=(25:30)] это один или близнецы, а где там "чуть ниже"?
типа в [x=(70:80); y=(25:30)] это один или близнецы, а где там "чуть ниже"?
аа, один это x=(90:100)
G
ага, это один, а с остальными проблема. те кто слева - это разные популяции. а те кто справа - хз, потому что там есть близкородственные браки и там по-другому всё уже будет
G
https://github.com/imgag/ngs-bits/blob/master/src/cppNGS/SampleSimilarity.cpp вот так ibs2 считается - когда один и тот же генотип по идее быть должно но я не уверен что в коде происходит то же самое
G
вроде правильно. переформулирую - правда ли что у брата и сестры будет меньше одинаковых гомозиготных вариантов, чем у двух случайно взятых людей?
S
German
вроде правильно. переформулирую - правда ли что у брата и сестры будет меньше одинаковых гомозиготных вариантов, чем у двух случайно взятых людей?
но ведь на графике брат-сестра это [x=(70:80); y=(25:30)] , не?
и у них вполне себе IBS больше
а непонятная ситуация только с теми, где большой genomic overlap и малый IBS, так?
и у них вполне себе IBS больше
а непонятная ситуация только с теми, где большой genomic overlap и малый IBS, так?
G
но ведь на графике брат-сестра это [x=(70:80); y=(25:30)] , не?
и у них вполне себе IBS больше
а непонятная ситуация только с теми, где большой genomic overlap и малый IBS, так?
и у них вполне себе IBS больше
а непонятная ситуация только с теми, где большой genomic overlap и малый IBS, так?
я не знаю. это может быть как брат и сестра, так и брат и сестра от близкородственного брака
S
German
я не знаю. это может быть как брат и сестра, так и брат и сестра от близкородственного брака
ну пофиг, все равно IBS у них больше же на графике
G
это 9000 людей с редкими нерешенными заболеваниями - тут всякой херни можно ожидать
G
если они от близкородственного брака то понятно почему у них больше - им гетерозиготность брать неоткуда