ну для условного эукариота, можно сделать типа несколько сотен последовательностей на повторы, и нарубаешь их меленько. дальше обычный гель, и будет типа обогащение 10-20% генома без повторов.
Да, не сразу врубился, что можно не как экзом готовитить, а сразу лишнее в геноме порубить. Интересно, а на стадии готовой либы можно через гель сайз селекшн сделать