А в смысле представителями время от времени обмениваются, ибо рядом
Это все-таки две разных экологических ниши с кардинально разными условиями (взять хотя бы концентрацию кислорода). Вид из одной не выдержит конкуренции в другой. А так, вагинальная микробиота матери встречается в кишечнике новорождённых, но крайне быстро замещается бифидобактериями (ну или другими анаэробами если мать своим молоком не кормит)