autoFunctorK навешиваешь на базовый класс для репозитория, он автоматически создаст FunctorK[Repo], через который ты можешь преобразовать Repo[ConnectionIO] в Repo[IO] при помощи транзактора. Метод .trans уже возврщает ConnectionIO ~> IO в твоем случае, поэтому просто его используй, когда будешь вызывать mapK.