A
Убедиться, что те, что должны быть запущены запущены и ровно тех версий, которые описаны в конфиге.
K3s управляется fleet'ом прекрасно.
Пакеты apt ровно тех версий, которые должны быть.
Ключи на машинах те, которые должны быть. Vpn ключи, ssh ключи.
А того, что в конфиге не описано быть не должно. Во всех местах системы :)
Если нужно выкатить новую версию контейнеров, то версия должна поменяться. Если добавится микросервис, то должен добавиться.