для более сложного графа коммитов можно тоже натянуть (опять же скаловскую) mixin composition. Правда закончится это тем, что код будет выглядеть как макароны по-флотски.
Нужен будет механизм "склейки" объектов из старых версий. Здесь соглашусь, никакой автоматизации никто ещё не придумал.
Вообще задача похожа на фиче тогллы, и на практике приходится напрягаться, чтобы реализовать их, и всегда приходится отталкиваться от того, что за фичи, и насколько долго держать эти тогглы. В противном случае сложность кода возрастает очень быстро.