Угу. И даже нагружать CPU/GPU, а затем получать данные через измерение энергопотребления ПК. Обычное - ноль, а повышенное - единица. Скорость будет медленная, но зато данные передаются даже с совсем режимных объектов. На крайней конференции в Вегасе разбирали подробно (на ютубе должны быть записи кому интересно).
Если у тебя такая модель угроз, то тебе нужно не о флатпаке думать, а об отдельном помещении с изолированной сетью, в клетке фарадея и с вооружённой охраной.