Так что так проблемы, что эдак. Возможно я что-то не понял и включил белку истеричку
ну смотри, в чём преимущества быть пакетом в дистрибутиве? в том, что пакет прошёл контроль какого-никакого качества, что он рабочий, что он работает именно на федоре, со всеми пакетами из федоры, соответствует свободным лицензиям, которые разрешены в федоре и т.д.
если ты взял бинарь из интернета, никакой гарантии что он будет работать в федоре N, N+1 и т.д. нет. конечно, зачастую оно продолжает работать. но не всегда. ну т.е. взять тот же gnome-shell. в федоре накладываются патчи, некоторые с бэкпортами важных фиксов, некоторые чтобы собиралось с новым GCC.