Я не очень хорошо разобрался в правилах трёхмерных зданий, но в обоих случаях внешняя (красная) граница это building, а внутренняя (синяя) — building:part. Тег building:part «перезаписывает» этажность в этом месте и имеет более высокий приоритет.
Ещё читал, что некоторые «старые» карты, которые поддерживают 3D, игнорируют building, если внутри него есть building:part, но точно не разбирался.
Там вроде с F4 была такая заморочка, нужно было делать части здания на всей площади полигона.