в ней и работай с флаттером, ждя того чтобы редактировать только андроид проект ты можешь нажать правой кнопкой на папку андроид в раскладке поект и далее флаттер - откртыть проект в андроид студии, помоему так, в этом случае ты будешь редактирвоать только отдельно проект андроид и его нативные элементы