У нас сейчас порядок такой:
1) Берем сервак (Ubuntu, CentOS)
2) Настраиваем, обновляем, ставим либы, базы, устанавливаем пользователей
3) Ставим nginx+passenger, ruby, rvm, настраиваем nginx, postgresql, monit
4) Линкуем сервер с веткой на гитхабе и готовим капистрану
5) Деплоим
6) Настраиваем бэкапы