wpa_supplicant - это приложенька, поднимающая беспроводной интерфейс. Запускаться она может разными способами:
- if-up/down
- systemd-networkd
- network-manager
- еще что-то было.
В зависимости от того, как запускается - смотреть надо в разные места и править конфиг по-разному.
Отдельно - поверх конфигов вышеуказанного может быть еще netplan, который из своего единого конфига генерит пачку конфигов под конкретную систему инициализации (а иногда под несколько сразу).
Самый тупой, деревянный и надежный - if-up/down, но там скорее всего придется забыть про гуевую настройку wifi