а загрузившись с какой нибудь usb knoppix возможно так сделать? lvm-тома будут монтироваться?
Конечно возможно. Чуть сложнее с zfs, т.к в проксмоксе он новее, чем в дебиане. Но я вообще не вижу пробоемы поставить прокс на место не удаляя тома с лвм под виртуалки или zfs. Упадёт прокс переустановите, настроите заново хранилища, ю ( прокс не станет их очищать), настроите заново сеть и подкинете предварительно сохранёнеые файлы конфигурации из /etc - всё.