У меня были схожие проблемы. Задвоение источников обновлений. Но при командах
apt update
система в консоли писала об этих ошибках
Я закомментировал у себя строку с main.
Сейчас уже не помню.. вроде не нашел тот скрипт который эту запись помещает в sources.list
Если строку удалить. То она сразу восстанавливается, а если закомментировать то проблема решалась.
Потом через несколько месяцев после очередного обновления пришлось еще раз править sources.list
Это бага debian-вская.. надо найти скрипт который меняет sources.list