это как в бутерброде. Определять вкус бородинского хлеба (он внизу, первым) когда на нём слой горчицы, колбасы, помидор, и лист салата. И немного кетчупа сверху
определится что вы хотите получить в итоге от виртуалки. Если это будет SQL сервер, то взять бенчмарки для вашего SQL сервера и проверять производительность этими бенчмарками. Если хотите действительно измерить скорость дисков - то мерять их на уровне хоста (fio). Если меряете скорость работы блочного устройства как носителя виртуальных машин, то меряйте на уровне хоста именно блочные устройства (fio).