Можно на второй юбик не тратиться. Один будет как source of truth, а нужные ключи можно хранить в TPM формате локально, даже если кто-то их унесет с локалхоста, расшифровать их невозможно без твоего TPM 🤷♂ Вот старый talk с фосдема об этом: https://youtu.be/gLE3pwUd_1o
Мастер лучше как раз на смарткарте не создавать. Случись с ней что, и все твоё самодельное дерево доверия пойдёт коту под хвост. Мастер ключ следует хранить в извлеченном виде в надёжном месте, и юзать только офлайново для подписи сабключей. А вот сабключи уже можно и на токен класть, их не жалко.