Потому разные конфиги? Сорри, я нить диалога не могу поймать
Логика такая: в home-manager легко пропихнуть изменения, поэтому если ты написал модуль конфигурации для sway, то скорее пропихнешь его в home-manager чем в nixpkgs.
Понял Сейчас попробую Вопрос Почему, после того как я из configuration.nix убираю пакет, делаю потом ребилд и собираю мусор, он все равно есть в nix store?