Скажем по-другому: если у тебя флейк предоставляет один пакет (или несколько пакетов с одинаковыми зависимостями), то флейком исходники даже лучше выкачивать, ибо флейками удобнее манипулировать.
Тут ещё один момент в том, что после установки пакета исходники можно собрать gc. Или они вовсе качаться не будут, если есть бинарный кеш.
А если сорцы через флейк инпутс, то они будут качаться по-любому.
И тут мне кстати интересно, как флейки собираются gc. Я вот поставил систему из флейка. Удалит ли nix инпутсы, если я сделаю gc?