xtrabackup это innodb движок от определённой версии mysql выдранный, чтобы можно было делать crash recovery (apply log или prepare в терминологии xtrabackup). Если форматы innodb совсем несовместимы (как при переходе с 5.7 на 8.0), то xtrabackup не сможет сделать бекап под старую версию. Ну и на баги можно нарваться, т.к. ситуация с разными мажорными версиями не покрывается crash recovery (перед обновлением обязательно должен быть "clean shutdown"). В 5.6 и 5.7 не такая большая разница и 2.4 может бекапить и 5.6 и 5.7, хотя сначала там были баги, поэтому лучше 2.4 последний использовать для 5.6 или сидеть на 2.3.