Ещё момент, вам совершенно не нужны индексы в таблице cscart_categories
- category_id_UNIQUE (category_id)
- idx_fshare (category_id,company_id,usergroup_ids,status)
- p_category_id (category_id,usergroup_ids,status)
их можно смело дропать
1. category_id_UNIQUE не нужен т.к. есть PRIMARY KEY (category_id)
2. idx_fshare и p_category_id, тоже Т.к. есть PRIMARY KEY (category_id), тут мы получаем конечно Using index, но для первичного ключа это бессмысленно, т.к. данные в Innodb и так кластеризованы по первичному ключу

а EXPLAIN то можно этого же запроса на 5,6

ещё выполните
ALTER TABLE cscart_categories
DROP INDEX idx_fshare
, ADD INDEX company_id (company_id)

лёгкая оптимизация, ничего существенного