&filterOptions=`{
"autoLoad":0,
"more": ".main-catalog__more-button",
"more_tpl": "<div class=\"btn-box wow fadeIn\" data-wow-delay=\"0.3s\" ><button class=\" main-catalog__more-button btn-catalog button more\">Еще <span id=\"mse2_total\">[[+total]]</span></button>"
}`
Вам нужно:
Дописать в оптионсы total: '.mse2_total',
и использовать на странице не
<span id=\"mse2_total\">
, а
<span class=\"mse2_total\">
надеюсь, смысл понятен. :)