Гитлаб ci запускает команды в той среде, которая нужна, скажем - shell. Это равнозначно запуску их в linux среде «без посредников». А так как ci в лице пайплайна реагирует на внешний раздражитель, к примеру - чей-то коммит, то эти команды будут запущены только после срабатывания условия, которые ты укажешь.