если контейнер правильно сделан, то все базы и настройки лежат снаружи. можно или просто заставить сервис в контейнере перечитать настройки или пересоздать его и он скорее всего подхватит все ранее сделанное. но это на свой страх и риск) у меня работает как я сказал.
как-то можно посмотреть где снаружи эти настройки лежат? Docker Windows, запускался через docker run, из командной строки, внутри контейнера не могу перезапустить zabbix-server, если вручную поправить конфиг zabbix-сервера и перезапустить контейнер, то изменения в конфиге удаляются(