git clone репозиторий, я значит не понял тебя
обычно в каком нибудь своем частном закрытом репозитории хранят приложение с docker-compose.yml и Dockerfile'ами и файлами проекта, клонируется репа проекта и запускается docker-compose.yml up -d для того что бы проект включился. Или у тебя ситуация что бы просто поднять какой то одельный контейнер или сервис с каким то приложением типа Базы данных или ElasticSearch например?