А когда я скажем ставлю новые пакеты?
Скажем так: если эти пакеты вам нужны во всех проектах, имеет смысл установить их в базовый образ. Если проект требует какой-то особенный пакет (как написал Алексей уникальный), то ставьте его про создании проекта