Я кстати не уверен. Хотя, не уверен и в том, что nginx дерево строит. Однако, правда в том, что очень не хотелось бы в общем случае на каждый чих дергать php скрипт, с чтением файла, вызовом интерпретатора и вот этим всем. Так что как раз .htaccess, несмотря на vendor lock, является довольно обдуманным решением.