У итк была проблема что основной Апач работал от рута, любая бага и можно было попасть в систему как рут. Мы не сталкивались, но потенциально возможно. Ну и тяжеловесен Апач, фпм управляемее и легче, можно выставить что этому сайту 20 воркеров, а этому 1
Имхо единственное почему же сих пор используют Апач - из-за .htaccess