При разработке стараемся использовать SVN, отличия в программе не показывает, но хотя бы комментарии можно писать к каждым версиям и всегда понятно где актуальная версия. У заказчика использовали VersionDog там есть все и отличия в программе и в тегах и автобекапы с оповещениями, но ценник конский конечно