Кто вам такое сказал? Согласно 63-ФЗ, если иное не предусмотрено, то подписание документа с помощь ЭП является полным соответствием подписания документа собственноручно в письменном виде. "Определенные случаи" это ваши домыслы.
ЭЦП нужно для работы в ИС где используется ЭЦП. Соответственно, это должно быть отражено в документообороте, какие документы подписываются - заверяются, в каких случаях и кем.
Потом все стороны подписывают соглашение или присоединяются к регламенту.
т.е. что четко оговорено.