А разве не по этим гостам аттестуют? ГОСТ РО 0043-003-2012 и ГОСТ РО 0043-004-2013
Они несколько про разное. Положение ФСТЭК определяет, если можно так выразиться, все в комплексе. Когда можно и нельзя, что можно и нельзя делать с аттестованой системой и подобные вещи. А ГОСТы, приведенные Вами, более узкие. Из серии, "Вы пришли аттестовывать ИС, Ваши действия".