В том, что в kde, например, в автозапуску systemsettings даёшь исполняемый фай, оно ему само . desktop создаёт. Я даже не про гуй, а про то, чтобы не разбираться, где что лежит. Что-то вроде systemd-create-service "исполняемый файл". А потом уж ковыряться с нюансами