Очень сильно зависит от зрелости тех программ, которыми вы пользуетесь и тех устройств, которые вы конфигурируете. Вообще, как правильно сказал
Vladimir, SCT (то есть инструменту, которым обычно пользуется проектировщик), в intAddr ничего менять нельзя. Дальше зависит от того, в каком виде ExtRef вообще изначально присутствуют в ICD (если присутствуют). Скорее всего, не присутствуют ни в каком виде, поэтому SCT создаст ExtRef в файле, а потом ICT уже сделает привязки ExtRef к intAddr.