Не совсем так. В версиях до 10ки (выше не знаю, но вряд ли изменилось), alter table берет эксклюзивную блокировку на изменение метаданных.
Т.е. если у тебя идет длинный отчет (и куча мелких транзакций), потом ты запустил alter и опять куча мелких транзакций, то пока отчет не досчитается - система стоит, увы.