Ну вот и разверни в линуксе venv-ы или по аналогии с виндой - поставь себе питонов под юзером (есть для этого штука, что бы удобно было, но не помню как называется) и не трогай системный питон
Свежие версии пакетов в системном питоне и без venv-ов - это не всегда хорошо, разве что у тебя только один проект и тебе не сложно проверить его со свежими версиями
Наверное ты даже под винду не правильно пользуешь питон, не по бест-гайдам. Самый лучший питон в системе - девственно чистый питон (в идеале даже без pip). Всё что тебе надо в него поставить, надо ставить в venv или в хомяк юзера, или юзать билдаут.
ну на самом деле к этому довольно сложно прийти. ты ставишь линукс, оно все новое и загадочное, оказывается что пипа нет, венва нет, что делать? ну и ставишь все аптом, как оно в консоли подсказывает. а то что надо первым делом поставить pyenv, а про системный питон вообще лучше забыть, оно как-то неочевидно поначалу )
pyenv - это что ли та фиговина, которая компиляет питон юзеру в хомяк? Можно и без неё, если в apt есть нужные версии питона. Достаточно venv, что бы изолироваться
Что бы заработала эта комилялка, придётся ещё разобраться в том какие пакеты нужно поставить в систему, что бы питон скомпилялся. Или pyenv и это может сам сделать (запросив рутовые права)?