Хотя вот у меня всё работает нормально и мой .local/bin видится внутри PyCharm
да, я видел к гугле что-то типа "у меня не работало, потом я создал Desktop Entry и все завелось"... только видимо с тулбоксом все несколько иначе, потому что desktop entry уже есть, он сам его создает, а PATH не пропатченный
Попробуй пересоздать Entry через меню Tools в самой IDE
была такая мысль, но там даже пункта такого нет, только создать шелл раннер. вообще пишут что можно перетащить переопределение переменных окружения в ~/.profile или /etc/environment и все будет. ща попробую ~/.profile
"Вот вам ребята топор - очень хороший инструмент, в умелых руках им можно вытачивать красивую резьбу на спичках. Этому мы вас сейчас и научим, т.к. мы любим резные спички." 😊