ну... можно написать свой контейнер, его защитить от отладки. и всякое такое, внутри использовать интерпретатор со своими абфускациями и т.п, приложение будет работать раз в 10 медленнее. разработка этого всего займет 3-5 лет одним разработчиком. сложно долго и нужно понимать (быть реверс инженером) оно вам нужно?