Сталкивался с этой проблемой. Действительно, clear удаляет весь куки менеджер. Я просто в следующей транзакции добавлял ещё один куки менеджер и это решало проблему.
Это чуть проще чем по куки менеджеру в каждую транзакцию (потому, что первый куки менеджер был один на весь jmx, а сносился он, кажется, только для одного потока).
Впрочем я в итоге решал проблему без игр с куками так что без гарантий
И вообще я плохо понимаю, в чём смысл этой осторожности, если эти классы грубо говоря только сам жметр использует? Если кто-то захочет их поменять, прям будут так внимательно смотреть на сигнатуру?