Обоснуйте. Сущности на уровне ФС - разные. Можно включить описание внутрь папок. На первый взгляд, может они не бэкапятся - но тут всё зависит, на каком оборудовании это развёрнуто.
Нет историчности, нет механизма пассивного контроля версий, нет истории, нет дифов и так далее и тому подобное. То есть вот словосочетание "система контроля версий", в файловой системе нет ни контроля ни версий
кто угодно залезает в твои папки и портит там что угодно. И ты толком это проконтролировать не можешь - нет даже минимальной защиты от правок твоих версий.
Понятно, что и в ГИТ можно слазать в потроха и там все версии свести к одной. Но это надо целенаправленно делать.